IIS поддерживает развертывание xcopy, поэтому достаточно просто скопировать файлы, если у вас нет особых требований.
Один из способов сделать это - простой скрипт, который использует ROBOCOPY для копирования новых файлов на сервер.
Если сайт большой и занимает слишком много времени, используйте систему контроля версий. Мне нравится Mercurial для этой цели, хотя вы должны быть осторожны, чтобы файлы конфигурации системы контроля версий в конечном итоге не были представлены широкой публике. В этом случае развертывание - это просто принятие изменений и проверка последней версии на сервере. В дополнение к эффективности, это позволяет выполнять быстрый откат (если вы пометили последнюю хорошую версию) в случае, если ваш последний и самый лучший имеет ошибку showtopper.
Чтобы свести к минимуму время простоя, вы можете сделать так, чтобы скрипт копировал файлы в новый каталог, а затем быстро переименовывал каталоги или изменял место, где IIS указывает на новый каталог.