Это действительно будет зависеть от модели безопасности ваших веб-серверов и серверов БД (то есть программного обеспечения), а также от степени брандмауэра / контроля доступа / IDP, которую вы применяете на двух серверах, если они находятся на отдельных серверах.
При прочих равных условиях, вероятно , лучше разделить их. Однако на практике, по крайней мере, в среде LAMP, если вы используете privsep Apache (если вы не уверены, не волнуйтесь, вы это делаете) и не используете root-доступ к MySQL в своем веб-приложении, и у вас нет tcp / 3306, выставленного внешнему миру, вы на самом деле не получаете большую безопасность, перемещая один или другой на другой кусок кремния. Тем не менее, вы получаете преимущества в производительности и возможности отладки.
Ваш вопрос в стиле, который, кажется, требует абсолютного ответа, но без дополнительной информации (как минимум, о том, о каких разновидностях ОС и сервера Web / DB мы говорим), трудно даже дать информативный.