SSH гораздо более терпим к сетевым устройствам безопасности, таким как брандмауэры и тому подобное, которые делают NAT. FTP отлично работает с брандмауэром и обычно требует, чтобы у одной конечной точки были реальные IP-адреса (то есть без NAT).
SSH лучше справляется с NAT. Фактически, оба конца могут быть позади NAT, который вообще невозможен без большого лома с FTP.
Обычно FTP работает быстрее из-за очень простой природы протокола, хотя правильные версии SFTP могут приблизиться к этому уровню скорости.
Поддержка FTP встроена в большинство современных браузеров, где я не знаю SSH. Там могут быть плагины, которые подделывают это, хотя.
SSH значительно более безопасен, что позволяет выполнять аутентификацию пользователей. FTP поддерживает это, но делает это более простым текстом, что противоречит большинству нормальных политик безопасности.
Единственная причина использовать FTP для общего доступа к файлам. Такие вещи, как репозитории ядра Linux.