«Двоичный» режим передачи FTP копирует файлы точно, байт за байтом. Просто и понятно.
Однако при переносе текстовых файлов между разными операционными системами это может быть не тем, что вам нужно - разные операционные системы используют разные коды для представления переносов строк. Для этого существует режим «ASCII»: он автоматически переводит все окончания строк из формата исходной системы в пункт назначения.
Не уверен насчет «Авто», но я представляю, что похоже, что расширение файла или что-то подобное решает, является ли это текстовым файлом, и пытается угадать соответствующий режим.
Какой режим вам нужен, зависит от того, что именно вы делаете с файлами ... если вы просто копируете их для резервного копирования, то вам, вероятно, захочется копировать в двоичном режиме, чтобы они были точно такими же, когда Вы позже восстановите их на сервер Windows снова. Если их необходимо использовать в виде текстовых файлов (возможно, в виде файлов конфигурации для кроссплатформенной программы?) С обеих сторон, вам потребуется использовать режим ASCII для их перевода.
EDIT: Насколько я могу судить, по протоколу FTP файлы из Windows , в Linux никогда не должны приводить к разрывам линии исчезают ... Однако , если вы копируете их в режиме ASCII, а затем вернуть их обратно на сервер Windows , в двоичном режиме, Linux Окончания строк в стиле могут не распознаваться в окне Windows. (Блокнот их не увидит; Wordpad увидит; YMMV с другим программным обеспечением.)
(Сегодня такое удобство - автоматическое преобразование концов строк - может показаться странным в таком базовом протоколе, как FTP. Однако когда был изобретен FTP, отправка текстовых файлов была нормой, и одной из целей протокола было это как можно проще.)