Вопросы с тегом «reproducibility»

В одной из моих работ я перечисляю некоторые числовые результаты в дополнение к некоторым цифрам. Что я хотел бы сделать, так это убедиться, что числовые результаты в моей статье всегда соответствуют коду. Прямо сейчас я просто напрямую копирую числовые результаты из моих результатов моделирования в документ, который является чрезвычайно простым …

34 software  documentation  reproducibility 

Воспроизводимость становится все более важной в научных исследованиях в области вычислительной техники. (Например, см. Эту статью Роджера Пенга в журнале « Наука» ; мне известны и другие подобные статьи и веб-сайты.) Однако мне не ясно, сколько информации я должен включить в журнальную статью (или онлайн), чтобы сделать мои компьютерные исследования …

23 software  publications  documentation  reproducibility 

Воспроизводимые исследования в области вычислений направлены на то, чтобы сделать код, необходимый для генерации результатов в вычислительной статье, доступным для других исследователей, чтобы они могли запустить этот код для воспроизведения результатов в этой статье. Я бы хотел, чтобы все мои исследования были воспроизводимыми, но я столкнулся с небольшим затруднением : …

19 software  publications  documentation  reproducibility 

Параллельное сокращение предполагает, что соответствующая операция является ассоциативной. Это предположение нарушается при добавлении чисел с плавающей запятой. Вы можете спросить, почему я забочусь об этом. Что ж, это делает результаты менее воспроизводимыми. И это ухудшается, когда моделируемый отжиг используется для оптимизации (или подгонки параметров) по подпрограммам, дающим такие невоспроизводимые результаты. …

17 parallel-computing  reproducibility 

Я написал программу / библиотеку, которую использовал для получения результатов в статье. (Вот и все , но мой вопрос общий.) У меня есть тесты, которые я регулярно использую ctest(для запуска требуется несколько минут). Чтобы воспроизвести некоторые таблицы или рисунки в статье, мне нужно создать скрипт или простую программу-драйвер, которая будет …

15 reproducibility 

Я пишу воспроизводимую статью, и в ней есть результаты вычислений, которые генерируются скриптом Python (аналогичный скрипт MATLAB генерирует почти идентичные результаты). Я чувствую, что статья будет легче понять читателям, если они смогут сопоставить вычисления в статье с вычислениями в коде. В работе предлагается абстрактный формализм, и примеры в статье должны …

14 python  software  reproducibility 

Физика, биология, химия и т. Д. Имеют различные наборы правил для проведения экспериментов: какие события считаются актуальными, как избежать загрязнения образцов, как создать и исправить процесс воспроизведения и так далее. Каковы стандарты, протоколы и лучшие практики для обеспечения точности и воспроизводимости численных экспериментов?

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

Обычно я пишу последовательный код, а когда я делаю, я пишу модульные тесты с помощью некоторой среды тестирования в стиле xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose или среды тестирования Google C ++). Основываясь на беглом поиске в Google, я мало что видел в том, как практикующие юнит тестируют код, использующий …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Существует ли опубликованный список лучших практик, обеспечивающих долговечность кода, с учетом воспроизводимых научных результатов? (например, открытый исходный код, практика документирования, выбор зависимостей, выбор языка, виртуальные машины и т. д.). Знайте о каких-либо исследованиях (или об их отсутствии, примерах / анекдотах), в которых пытались оценить период полураспада типичного научного кода или …

11 software  publications  reproducibility