Места для публикации документов, которые подчеркивают программное обеспечение

Программное обеспечение является фундаментальной частью вычислительной науки и все чаще признается в качестве важной части научных данных. Учитывая ценность использования существующего и хорошо протестированного кода, представляется целесообразным как можно шире рассказать о существовании полезных кодов и отдать должное их создателям. В академической среде это означает публикацию некоторых статей, которые в основном посвящены программному обеспечению.

Где можно публиковать научные работы, в которых основное внимание уделяется компьютерному программному обеспечению? Чтобы быть совершенно ясным, я имею в виду работы, которые могут не включать никакой новой математики, алгоритмов и т. Д. - они действительно сосредоточены на программном обеспечении.

Мне также было бы интересно услышать от тех, кто представил такие документы в эти журналы, каков был опыт и какие места они рекомендуют.

Резюме ответов дано:

• Транзакции по математическому программному обеспечению
• Научное программирование
• Журнал SIAM по программному обеспечению для научных вычислений (SISC)
• Архив числового программного обеспечения
• Открытое исследование вычислений
• Компьютерная физика связи
• Достижения в разработке программного обеспечения
• Журнал статистического программного обеспечения
• Журнал химической теории и вычислений
• Исходный код для биологии и медицины
• ОДИН РАЗ
• Международный журнал квантовой химии
• эпидемиология
• Компьютеры в науке и технике
• Журнал вычислительной химии
• Разработка геонаучных моделей
• Журнал исследований машинного обучения
• Математическое программирование вычислений
• Журнал открытого программного обеспечения
• SoftwareX

Есть несколько других специализированных журналов, таких как Журнал вычислительной физики или Компьютерная физика , которые принимают статьи как об алгоритмах, так и о программном обеспечении, используемом для их реализации. Если вы находитесь в области химии, журнал химической теории и вычислений может быть другим журналом для рассмотрения. Все они позволяют публиковать пакеты - я видел коды, которые я использовал, которые обсуждались в них. Компьютеры и химическая инженерия позволяют создавать документы по реализации программного обеспечения, но им нужно сделать что-то оригинальное - это не может быть документ «постепенного продвижения».

Достижения в области инженерного программного обеспечения являются хорошими, и приложения варьируются довольно широко.

Журнал статистического программного обеспечения является еще один , который фокусируется на программном обеспечение, но конкретное приложение. Много R в этом.

Я должен добавить, что я никогда не публиковал ни одного из них, поэтому я не могу рассказать об этом, но я действительно следую им и нахожу статьи хорошего качества.

Я опубликовал пару программных статей. Один из них был в Исходном коде BMC в области биологии и медицины - проект «Иммунология систем с несколькими шкалами»: программное обеспечение для клеточного иммунологического моделирования и PLoS ONE - SNPpy - управление базой данных для данных SNP, полученных в рамках исследований ассоциации генома .

Это два совершенно разных проекта. Первая - это система, основанная на агентах моделирования, написанная для моделирования иммунологических систем, поэтому она относится к вычислительной биологии. Последний представляет собой систему на основе базы данных для управления данными SNP в контексте GWAS, поэтому он относится к биоинформатике.

Что касается опыта публикации - время ожидания было низким по сравнению с математическими работами, что было хорошо. Рецензенты не доставили мне трудностей, что тоже было хорошо. С другой стороны, публикация программного обеспечения занимает много времени. У вас есть документ плюс кодовая база для работы, не говоря уже о пользовательской документации.

Одна вещь, которая меня поразила, заключалась в том, что я видел мало доказательств того, что рецензенты действительно пытались запустить программное обеспечение, и ноль доказательств того, что они понимали дизайн кода или даже смотрели на код. В обоих журналах было по два рецензента каждый. В первом случае (BMC) один из обозревателей указал, что он пытался установить / запустить программное обеспечение и потерпел неудачу (проблема, к которой мы обратились), но из четырех обзоров, которые были единственными, в которых конкретно упоминалось что-либо о реальном программном обеспечении. Большинство комментариев были более общими о научных проблемах и адресах, которые я высказал в статье. В целом, я почувствовал, что рецензенты в основном только что прочитали газету. В идеальном мире рецензент может быть заинтересован в дизайне программного обеспечения и деталях кода, включая такие вопросы, как производительность, зависимости, переносимость, расширяемость и тестирование. Рецензенты для SNPpy спрашивали о переносимости и расширяемости. как я утверждал в газете, что программное обеспечение было переносимым и расширяемым, но я не думаю, что они на самом деле смотрели на код. Честно говоря, получить представление о том, что такое нетривиальная кодовая база, - это тяжелая работа, и, возможно, от неоплачиваемого рецензента можно ожидать большего, чем можно разумно ожидать.

Я использовал LaTeX для обеих этих работ. В случае с PLoS это потребовало большого количества прыжков через обручи, чтобы рукопись выглядела так, как они хотели, поскольку на самом деле они не использовали LaTeX и запускали какую-то программу преобразования. PLoS испортил мои цифры, которые были сделаны с использованием TikZ, и были очень хорошими, но вы не узнаете об этом, глядя на их версию. Также стоит отметить, что PLoS не предоставляет доказательств рукописи.

Журнал вычислительной химии (Специальный раздел статьи) и Международный журнал квантовой химии отчет о программном обеспечении и алгоритмах.

Два, которые я еще не видел в этом списке и которые могут быть интересны кому-то, кроме меня, в какой-то момент, это Американский журнал эпидемиологии и эпидемиологии .

Если вы написали умное программное обеспечение, чтобы выполнить то, о чем заботятся эпидемиологи, они вполне могут опубликовать его. Я видел, по крайней мере, недавние короткие статьи о макросах SAS, чтобы выполнить несколько более сложный статистический анализ, программу, которая выполняет регрессию точек соединения, и ту, которая выполняет некоторые специфические для поля вещи с направленными ациклическими графами.

Оказывается, одна из упомянутых публикаций была в « Эпидемиологии» : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Ни в одном из журналов, которые я подозреваю, не говорится , что они ищут статьи о программном обеспечении - что касается специализированных журналов по дисциплинам, не относящимся к программному обеспечению, но анализ, включая программное обеспечение, не редкость, и ссылка является примером статья полностью посвящена программному продукту.

AJE:

Документы, посвященные практическому применению эпидемиологических или статистических методов (таких как внедрение статистических методов или оценка стратегий интервью), публикуются в разделе, озаглавленном «Практика эпидемиологии».

Эпидемиология: Статья выше была опубликована в виде письма. Они также принимают обзоры программного обеспечения, если у вас есть дружелюбный коллега или кто-то в этой области, который может быть заинтересован.

Я точно знаю, что они поощряют электронные приложения с кодом, и я хотя бы кое-что пересмотрел там со ссылкой на репозиторий Github.

Geoscientific Model Development - журнал с открытым доступом для этой цели. Как и другие журналы Европейского геофизического союза, он имеет открытый процесс рецензирования .

Журнал исследований машинного обучения (JMLR) имеет трек «Программное обеспечение с открытым исходным кодом для машинного обучения». Это довольно избирательно (что я считаю хорошей вещью). Журнал является полностью бесплатным (для авторов и читателей) и поддерживается добровольцами.

Общество математической оптимизации недавно выпустило журнал

Математическое программирование вычислений

Из их "Целей и Сфера":

Математическое программирование вычислений (MPC) публикует оригинальные исследовательские статьи, посвященные вычислительным вопросам математической оптимизации. В статьях рассказывается об инновационном программном обеспечении, сравнительных тестах, средах моделирования, библиотеках данных и / или приложениях. Главной особенностью журнала является включение сопутствующего программного обеспечения и данных с представленными рукописями.

По поводу тем пишут:

Темы, охватываемые MPC, включают линейное программирование, выпуклую оптимизацию, нелинейную оптимизацию, стохастическую оптимизацию, робастную оптимизацию, целочисленное программирование, комбинаторную оптимизацию, глобальную оптимизацию, сетевые алгоритмы и языки моделирования.

Вычислительный в науке и технике является еще одним вариантом. Это гибрид научного журнала (с рецензируемыми тематическими статьями) и журнала (с нереферируемыми регулярными колонками). Он публикует статьи, которые его читатели могут найти интересными. Таким образом, статья о программном обеспечении должна содержать некоторые интересные материалы, например, о конкретных используемых методах, которые полезны для более широкой аудитории, чем само программное обеспечение.

Должен, пожалуй, добавить, что я являюсь членом редколлегии этого журнала.

Научное программирование - это опция, которая позволяет сосредоточиться на методах программирования, используемых при написании научных программ. (Раскрытие: я в Редакционно-консультативном совете.)

Есть несколько специализированных журналов

Компьютеры и геонаука, Компьютеры и жидкости, Компьютеры и сооружения,

и т.п.