Хотя мне обычно не нравится идея добавления exe в систему управления версиями, я бы посоветовал, чтобы система управления версиями содержала все, что требуется для открытия, сборки и выполнения проекта.
В этом случае похоже, что папка .nuget является обязательной зависимостью. Следовательно, он должен находиться под контролем источника.
Единственный оставшийся вопрос, который вам нужно изучить, - это то, как NuGet будет реагировать, если эта папка помечена как доступная только для чтения, что TFS сделает после того, как она будет зарегистрирована.
Обновление:
я провел немного больше исследований по этому поводу, поскольку никогда раньше не использовал NuGet. http://blog.davidebbo.com/2011/03/using-nuget-without-committing-packages.html
Я бы предположил, что, вероятно, вы хотите сделать NuGet требованием, которое должно быть установлено на каждой рабочей станции разработчиков.
Кроме того, вы должны поместить в систему управления версиями командный файл, необходимый для подготовки рабочей станции к началу редактирования проекта. Пакетный файл будет запускать команды, необходимые для получения и установки пакетов зависимостей.
Помимо этого, я бы сказал, что вы можете напрямую связаться с NuGet, чтобы спросить их, как именно это должно работать.