Я не думаю, что вы можете установить стиль по умолчанию для всех файлов (может быть, есть какой-то обман с конфигурационным файлом, который позволяет это), но, поскольку вы специально упоминаете .configфайлы, вы можете открыть файл langs.xmlили langs.model.xmlв вашем каталоге установки Notepad ++, найти xmlраздел и добавьте configк значению extатрибута:
<Language name="xml" ext="xml xsml xsl xsd kml wsdl config" commentLine="" commentStart="<!--" commentEnd="-->">
</Language>
Или используйте Style Configuarator, как отмечено @AdamHawkes (+1), вместо того, чтобы возиться с самими файлами конфигурации XML!