Это будет выглядеть как две разные вещи, но вызовет проблемы в системе, не чувствительной к регистру. В этом случае убедитесь, что все пути или имена файлов заполняются табуляцией. Далее, чтобы на всякий случай изменить название чего-нибудь, сделайте так:
mv file.txt temp.txt
git add -A
git commit -m "renaming..."
mv temp.txt File.txt
git add -A
git commit --amend -m "Renamed file.txt to File.txt"
Это явный способ внести изменения, зафиксировав их, а затем свернув их. Более короткий способ сделать это - одновременно управлять индексом и рабочей папкой:
git mv file.txt temp.txt
git mv temp.txt File.txt
git commit -m "Renamed file.txt to File.txt"
Это также связано с настройкой имен каталогов: git mv и изменить только регистр каталога