Matplotlibight_layout () не принимает во внимание фигуры

Если я добавлю субтитры к моей фигуре matplotlib, она будет наложена на заголовки субплота. Кто-нибудь знает, как легко позаботиться об этом? Я попробовал tight_layout()функцию, но она только ухудшает ситуацию.

Пример:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

f = np.random.random(100)
g = np.random.random(100)
fig = plt.figure()
fig.suptitle('Long Suptitle', fontsize=24)
plt.subplot(121)
plt.plot(f)
plt.title('Very Long Title 1', fontsize=20)
plt.subplot(122)
plt.plot(g)
plt.title('Very Long Title 2', fontsize=20)
plt.tight_layout()
plt.show()

Вы можете настроить геометрию подзаговора в самом tight_layoutвызове следующим образом:

fig.tight_layout(rect=[0, 0.03, 1, 0.95])

Как указано в документации ( https://matplotlib.org/users/tight_layout_guide.html ):

tight_layout()учитывает только метки, метки осей и заголовки. Таким образом, другие художники могут быть обрезаны, а также могут перекрываться.

Вы можете вручную настроить интервал, используя plt.subplots_adjust(top=0.85):

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

f = np.random.random(100)
g = np.random.random(100)
fig = plt.figure()
fig.suptitle('Long Suptitle', fontsize=24)
plt.subplot(121)
plt.plot(f)
plt.title('Very Long Title 1', fontsize=20)
plt.subplot(122)
plt.plot(g)
plt.title('Very Long Title 2', fontsize=20)
plt.subplots_adjust(top=0.85)
plt.show()

Одна вещь, которую вы можете очень легко изменить в своем коде, это то, что fontsizeвы используете для названий. Тем не менее, я предполагаю, что вы не просто хотите это сделать!

Некоторые альтернативы использованию fig.subplots_adjust(top=0.85):

Обычно tight_layout()неплохо справляется с позиционированием всего в хороших местах, чтобы они не перекрывались. Причина tight_layout()в этом случае не помогает, потому tight_layout()что не принимает во внимание fig.suptitle (). На GitHub есть открытый вопрос об этом: https://github.com/matplotlib/matplotlib/issues/829 [закрыт в 2014 году из-за необходимости полного менеджера геометрии - перенесен на https://github.com/matplotlib/matplotlib / Issues / 1109 ].

Если вы читаете ветку, есть решение вашей проблемы с участием GridSpec. Ключ должен оставить некоторое пространство в верхней части фигуры при вызове tight_layout, используя rectkwarg. Для вашей проблемы код становится:

Использование GridSpec

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.gridspec as gridspec

f = np.random.random(100)
g = np.random.random(100)

fig = plt.figure(1)
gs1 = gridspec.GridSpec(1, 2)
ax_list = [fig.add_subplot(ss) for ss in gs1]

ax_list[0].plot(f)
ax_list[0].set_title('Very Long Title 1', fontsize=20)

ax_list[1].plot(g)
ax_list[1].set_title('Very Long Title 2', fontsize=20)

fig.suptitle('Long Suptitle', fontsize=24)    

gs1.tight_layout(fig, rect=[0, 0.03, 1, 0.95])  

plt.show()

Результат:

Может быть GridSpec, это немного излишне для вас, или ваша настоящая проблема будет включать в себя гораздо больше вспомогательных сюжетов на гораздо большем холсте или другие сложности. Простой взлом состоит в том, чтобы просто использовать annotate()и зафиксировать координаты 'figure fraction'для имитации suptitle. Возможно, вам придется внести некоторые более точные корректировки, как только вы посмотрите на результат. Обратите внимание, что это второе решение не использует tight_layout().

Более простое решение (хотя может потребоваться его точная настройка)

fig = plt.figure(2)

ax1 = plt.subplot(121)
ax1.plot(f)
ax1.set_title('Very Long Title 1', fontsize=20)

ax2 = plt.subplot(122)
ax2.plot(g)
ax2.set_title('Very Long Title 2', fontsize=20)

# fig.suptitle('Long Suptitle', fontsize=24)
# Instead, do a hack by annotating the first axes with the desired 
# string and set the positioning to 'figure fraction'.
fig.get_axes()[0].annotate('Long Suptitle', (0.5, 0.95), 
                            xycoords='figure fraction', ha='center', 
                            fontsize=24
                            )
plt.show()

Результат:

[Использование Python2.7.3 (64-разрядная matplotlibверсия ) и 1.2.0]

Альтернативное и простое в использовании решение - настроить координаты текста субтитра на рисунке, используя аргумент y в вызове suptitle (см. Документацию ):

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

f = np.random.random(100)
g = np.random.random(100)
fig = plt.figure()
fig.suptitle('Long Suptitle', y=1.05, fontsize=24)
plt.subplot(121)
plt.plot(f)
plt.title('Very Long Title 1', fontsize=20)
plt.subplot(122)
plt.plot(g)
plt.title('Very Long Title 2', fontsize=20)
plt.show()

Плотный макет не работает с suptitle, но constrained_layoutработает. Посмотрите этот вопрос. Увеличьте размер / интервал подзаговоров с помощью множества подзаговоров в matplotlib.

Я обнаружил, что добавление участков сразу выглядело лучше, т.е.

fig, axs = plt.subplots(rows, cols, constrained_layout=True)

# then iterating over the axes to fill in the plots

Но его также можно добавить в момент создания фигуры:

fig = plt.figure(constrained_layout=True)

ax1 = fig.add_subplot(cols, rows, 1)
# etc

Примечание: чтобы сблизить мои подсюжеты, я также использовал

fig.subplots_adjust(wspace=0.05)

и constrained_layout не работает с этим :(

Я боролся с Matplotlib подстроечных метод, так что я теперь просто сделал функцию , чтобы сделать это с помощью bashвызова ImageMagick«S mogrify команды , которая хорошо работает и получает все дополнительные пробельные выключения краев фигуры. Это требует, чтобы вы использовали UNIX / Linux, использовали bashоболочку и ImageMagickустановили.

Просто позвоните на это после вашего savefig()звонка.

def autocrop_img(filename):
    '''Call ImageMagick mogrify from bash to autocrop image'''
    import subprocess
    import os

    cwd, img_name = os.path.split(filename)

    bashcmd = 'mogrify -trim %s' % img_name
    process = subprocess.Popen(bashcmd.split(), stdout=subprocess.PIPE, cwd=cwd)

Как уже упоминалось, по умолчанию плотный макет не учитывает субтитры. Однако я обнаружил, что можно использовать bbox_extra_artistsаргумент для передачи субтитра в качестве ограничивающего прямоугольника, который следует учитывать:

st = fig.suptitle("My Super Title")
plt.savefig("figure.png", bbox_extra_artists=[st], bbox_inches='tight')

Это заставляет принять suptitleво внимание расчет точной компоновки , и это выглядит так, как вы ожидаете.

Единственное, что сработало для меня, - это изменение вызова suptitle:

fig.suptitle("title", y=.995)

У меня была похожая проблема, которая возникла при использовании tight_layoutочень большой сетки графиков (более 200 дополнительных графиков) и рендеринга в блокноте Jupyter. Я сделал быстрое решение, которое всегда размещает вас suptitleна определенном расстоянии выше вашего верхнего участка:

import matplotlib.pyplot as plt

n_rows = 50
n_col = 4
fig, axs = plt.subplots(n_rows, n_cols)

#make plots ...

# define y position of suptitle to be ~20% of a row above the top row
y_title_pos = axs[0][0].get_position().get_points()[1][1]+(1/n_rows)*0.2
fig.suptitle('My Sup Title', y=y_title_pos)

Для субплотов переменного размера вы все еще можете использовать этот метод, чтобы получить верхнюю часть самого верхнего субплота, а затем вручную определить дополнительную сумму для добавления в субтитр.