Я считаю, что это http://flask.pocoo.org/docs/deploying/uwsgi/ - хороший ответ, чтобы прояснить путаницу. Вопрос не глупый, случается с любым, кто видит эти два термина и не имеет предварительной информации о том, как все работает за пределами мира mod_PHP (например, ничего против php или людей)
На сайте хорошо объясняется на практике, что необходимо и в чем разница, а также хороший пример развертывания для nginx.
Для удобства здесь цитируется объяснение из Flask wiki:
uWSGI - это вариант развертывания на таких серверах, как nginx, lighttpd и cherokee; см. другие варианты в FastCGI и автономных контейнерах WSGI. Чтобы использовать ваше приложение WSGI с протоколом uWSGI, вам сначала понадобится сервер uWSGI. uWSGI - это и протокол, и сервер приложений; сервер приложений может обслуживать протоколы uWSGI, FastCGI и HTTP.
Самый популярный сервер uWSGI - это uwsgi, который мы будем использовать в этом руководстве. Убедитесь, что он установлен, чтобы продолжить.