Я все еще новичок в git, и это была просто глупая ошибка, которую я сделал, длинная история в одном предложении. Я был не во вложенной папке, как сообщил @gaoagong, а, наоборот, в родительской папке. Как ни странно, я не понял эту идею из этого ответа, вместо этого идея возникла во время тестирования git add --all, см. Длинную историю ниже.
Пример в деталях.
Фактическое репо:

Родительская папка, которую я по ошибке открыл на родительском уровне (в моем случае vscode_git):

Я клонировал репо, но у меня была родительская папка над этим репо, которую я вместо этого открыл, а затем я попытался добавить файл репозитория подпапки git add 'd:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java\.github\ISSUE_TEMPLATE.md', который просто ничего не сделал, без предупреждающего сообщения, а git statusзатем сказал:
ничего не добавлено для фиксации, но присутствуют неотслеживаемые файлы (для отслеживания используйте "git add")

Бег git add --allдал мне желтые записки:
предупреждение: добавление встроенного репозитория git: vscode-java встроенный репозиторий и не будет знать, как его получить.
Подсказка: если вы хотели добавить подмодуль, используйте: git submodule add vscode-java
совет: если вы добавили этот путь по ошибке, вы можете удалить его из индекса с помощью git rm --cached vscode-java
См. "Подмодуль git help" для получения дополнительной информации. Git

Чтобы это исправить, я вернула git add --allс git rm --cached -r -f -- "d:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java" rm 'vscode-java':

Затем, просто открыв вместо этого фактическую папку репо,

git снова работал, как ожидалось. Конечно, тогда можно удалить папку ".git" родительской папки:
