N-уровневая архитектура обычно имеет каждый уровень, разделенный сетью. То есть уровень представления находится на некоторых веб-серверах, затем он обращается к внутренним серверам приложений по сети для бизнес-логики, затем он обращается к серверу базы данных, снова по сети, и, возможно, сервер приложений также вызывает некоторые удаленные службы ( скажем Authorize.net для обработки платежей).
MVC - это шаблон разработки программного обеспечения, в котором разные части кода отвечают за представление модели, представления и контроллера в некотором приложении. Эти две вещи связаны, потому что, например, уровень модели может иметь внутреннюю реализацию, которая вызывает базу данных для хранения и извлечения данных. Контроллер может находиться на веб-сервере и удаленно вызывать серверы приложений для извлечения данных. MVC абстрагируется от деталей реализации архитектуры приложения.
N-ярус просто относится к физической структуре реализации. Эти два иногда путаются, потому что проект MVC часто реализуется с использованием N-уровневой архитектуры.