Для диска довольно легко использовать большое количество inode, даже если диск не очень заполнен.
Inode выделяется для файла, поэтому, если у вас есть несколько миллиардов файлов, каждый по 1 байту, у вас закончатся inode задолго до того, как закончится диск.
Также возможно, что удаление файлов не уменьшит количество инодов, если файлы имеют несколько жестких ссылок. Как я уже сказал, inode принадлежит файлу, а не записи каталога. Если с файлом связаны две записи каталога, удаление одной из них не освобождает индекс.
Кроме того, вы можете удалить запись каталога, но, если запущенный процесс все еще имеет открытый файл, индекс не будет освобожден.
Моим первоначальным советом было бы удалить все файлы, которые вы можете, затем перезагрузить окно, чтобы убедиться, что не осталось процессов, удерживающих файлы открытыми.
Если вы делаете это, и у вас все еще есть проблема, дайте нам знать.
Кстати, если вы ищете каталоги, которые содержат много файлов, этот скрипт может помочь:
#!/bin/bash
# count_em - count files in all subdirectories under current directory.
echo 'echo $(ls -a "$1" | wc -l) $1' >/tmp/count_em_$$
chmod 700 /tmp/count_em_$$
find . -mount -type d -print0 | xargs -0 -n1 /tmp/count_em_$$ | sort -n
rm -f /tmp/count_em_$$