Прежде всего, обратите внимание, что я не использовал ни один из них (но использовал Node.js).
Обе библиотеки хорошо документированы и имеют стабильный API. Тем не менее, persistence.js, похоже, используется в большем количестве проектов . Я не знаю, все ли они все еще используют это, все же.
Разработчик sequelize иногда ведет блог об этом на blog.depold.com . Если вы хотите использовать первичные ключи в качестве внешних ключей, вам понадобится патч, описанный в этом посте . Если вам нужна помощь для persistence.js, есть группа Google, посвященная этому.
Из примеров, которые я понял, sequelize немного больше похож на JavaScript (больше сахара), чем persistance.js, но поддерживает меньшее количество хранилищ данных (только MySQL, тогда как persistance.js может даже использовать хранилища в браузере).
Я думаю, что sequelize может стать для вас подходом, поскольку вам нужна только поддержка MySQL. Однако, если вам нужны какие-то удобные функции (например, поиск) или вы хотите использовать другую базу данных позже, вам нужно будет использовать persistence.js.