Перейдите в IntelliJ | Инструменты | Создать программу запуска из командной строки ...
Оставьте значения по умолчанию (что создает двоичный файл с именем "идея"):
Теперь перейдите в командную строку.
Cd в каталог вашего проекта и введите: idea .
Это создаст каталог .idea для конфигураций IntelliJ для этого проекта, который он будет повторно использовать каждый раз для запуска IntelliJ из этого каталога.
Теперь вы можете перейти в другой каталог проекта и ввести: idea .
Предполагая, что вы оставили предыдущую IDE IntellJ открытой, теперь у вас будут открыты две IDE IntellJ, по одной для каждого проекта.
Ноты:
1) Если в вашем проекте используются переменные среды, я бы рекомендовал открыть отдельную вкладку / окно терминала для каждого проекта и установить переменные среды этого проекта перед запуском: idea .
2) В зависимости от того, что вы пытаетесь выполнить, вам может потребоваться изменить путь к классам (или такие параметры, как Project GOPATH) для каждого экземпляра IntelliJ.