Хорошо, я использую Linux, но я думаю, что это справедливо и для Windows. Вы можете сделать это прямо из командной строки.
> mysql -u <user name> -p<password> <database name> < sqlfilename.sql
Или из командной строки mysql вы можете использовать:
mysql>source sqlfilename.sql
Но у обоих этих подходов есть свои преимущества в отображаемых результатах. При первом подходе сценарий завершается, как только обнаруживает ошибку. И что самое приятное, он сообщает вам точный номер строки в исходном файле, где произошла ошибка. Однако он ТОЛЬКО отображает ошибки. Если ошибок не было, скрипт НИЧЕГО не отображает. Что может немного нервировать. Потому что чаще всего вы запускаете скрипт с целым набором команд.
Теперь второй подход (из командной строки mysql) имеет то преимущество, что он отображает сообщение для каждой отдельной команды MySQL в сценарии. При обнаружении ошибок он отображает сообщение об ошибке mysql, но продолжает выполнение сценариев. Это может быть хорошо, потому что вы можете вернуться и исправить все ошибки перед повторным запуском скрипта. Обратной стороной является то, что он НЕ отображает номера строк в скрипте, где были обнаружены ошибки. Это может быть немного больно. Но сообщения об ошибках настолько информативны, что вы, вероятно, сможете понять, в чем проблема.
Я, например, предпочитаю подход непосредственно из командной строки ОС.