Я успешно использовал jquery, YUI и Dojo в разных проектах django. Ни в одном из них нет ничего, что могло бы улучшить его использование именно с django. Я согласен с jpartogy в том, что mochikit может соответствовать django больше, чем любой другой, только из-за «питонического» (скрученного) API. Это действительно зависит от того, что вы ищете в среде ajax.
Лично мне нравится то, что jQuery может делать с заданным объемом кода, но самая большая проблема при написании кода jQuery - сделать его читабельным.
YUI намного более подробен, чем другие фреймворки, потому что он устанавливает соглашение об использовании пространств имен, но есть ярлыки для написания меньшего количества кода, и он позволяет избежать попыток сделать javascript похожим на что-то еще.
Dojo пытается сделать javascript похожим на Java, и, по моему опыту, работает довольно медленно. В нем есть несколько хороших виджетов и javascript-реализация языка шаблонов django (что очень полезно даже вне проектов django).
Я лично избегаю прототипов и mootools, потому что они могут сломать другой код javascript (или наоборот).
Если вы новичок в javascript и ajax, я бы порекомендовал jQuery, потому что с него проще всего начать. Но я не ожидаю, что какой-либо js-фреймворк будет интегрирован с django в основном потому, что в этом действительно нет необходимости.