Чистый подход - создать новый репозиторий как пустой, а затем сделать следующее:
Предполагая, что старый - СТАРЫЙ, а новый (пустой) - НОВЫЙ:
# mkdir /tmp/1
# cd /tmp/1
# git clone OLD_REPO old
# git clone NEW_REPO new
# cd new
# git pull ../old
# git push origin master
Или вы можете использовать удаленное репо напрямую для OLD:
# mkdir /tmp/1
# cd /tmp/1
# git clone NEW_REPO new
# cd new
# git pull OLD_REPO
# git push origin master
Это сохранит всю историю и позволит гитолиту справиться со своими внутренностями. Кроме того, вам нужно будет обновить gitolite-admin, но в порядке нет ограничений.
Это тоже работает удаленно без проблем.
Однако удаление старого репозитория должно выполняться в соответствии с инструкциями gitolite (локально).