В matplotlib 2.0 есть параметр, fillstyle
который позволяет лучше контролировать заполнение маркеров. В моем случае я использовал его с errorbars , но это работает для маркеров вообще
http://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.axes.Axes.errorbar.html
fillstyleпринимает следующие значения: ['full' | «левый» | «правильно» | «дно» | «верх» | 'никто']
Есть две важные вещи , которые нужно иметь в виду при использовании fillstyle,
1) Если для mfc установлено любое значение, оно будет иметь приоритет, следовательно, если вы установили для fillstyle значение «none», оно не будет действовать. Поэтому избегайте использования mfc в сочетании с fillstyle
2) Возможно, вы захотите контролировать ширину края маркера (используя markeredgewidthили mew), потому что, если маркер относительно мал, а ширина края толстая, маркеры будут выглядеть как заполненные, даже если это не так.
Ниже приведен пример использования панелей ошибок:
myplot.errorbar(x=myXval, y=myYval, yerr=myYerrVal, fmt='o', fillstyle='none', ecolor='blue', mec='blue')