Для тех, кому интересно, что такое InstantRun (первая настройка на картинке):
И да, отключение этого параметра решает проблему.
Редактировать 19.01.16
com.android.tools.build:gradle:2.0.0-alpha6 был выпущен три дня назад. При использовании этой новой версии ошибка «Split lib_main была определена несколько раз» исчезла, и установка приложения прошла успешно, но теперь я получаю сообщение об ошибке выполнения:
java.lang.RuntimeException: Unable to instantiate application
com.android.tools.fd.runtime.BootstrapApplication:
java.lang.ClassNotFoundException: Didn't find class
"com.android.tools.fd.runtime.BootstrapApplication" on path:
DexPathList[[zip file "/data/app/com.onegravity.k10.pro2-2/base.apk",
zip file "/data/app/com.onegravity.k10.pro2-/split_lib_main.apk"]
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: Didn't find class
"com.android.tools.fd.runtime.BootstrapApplication" on path:
DexPathList[[zip file "/data/app/com.onegravity.k10.pro2-2/base.apk",
zip file "/data/app/com.onegravity.k10.pro2-2/split_lib_main.apk"]
Suppressed: java.io.IOException: No original dex files found for dex location
/data/app/com.onegravity.k10.pro2-2/base.apk
Suppressed: java.lang.ClassNotFoundException:
com.android.tools.fd.runtime.BootstrapApplication
Отключение мгновенного запуска устраняет эту ошибку. Подождем com.android.tools.build:gradle:2.0.0-alpha7 ...
Редактировать 25.01.16
com.android.tools.build:gradle:2.0.0-alpha7 был выпущен два дня назад.
Получение того же исключения, что и для 2.0.0-alpha6