Нет, Mockito этого не поддерживает.
Возможно, это не тот ответ, который вы ищете, но то, что вы видите, является признаком неприменения принципа дизайна:
Предпочитайте композицию наследованию
Если вы извлечете стратегию вместо расширения суперкласса, проблема исчезнет.
Однако, если вам не разрешено изменять код, но вы все равно должны его протестировать, и таким неудобным способом, надежда еще есть. С помощью некоторых инструментов АОП (например, AspectJ) вы можете вплести код в метод суперкласса и полностью избежать его выполнения (фу). Это не работает, если вы используете прокси, вам нужно использовать модификацию байт-кода (либо изменение времени загрузки, либо изменение времени компиляции). Существуют фиктивные фреймворки, которые также поддерживают этот тип трюков, например PowerMock и PowerMockito.
Я предлагаю вам заняться рефакторингом, но если это не вариант, вас ждут серьезные взломы.