Генерация PNG с помощью matplotlib, когда DISPLAY не определен

Я пытаюсь использовать networkx с Python. Когда я запускаю эту программу, она получает эту ошибку. Чего-то не хватает?

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")


Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 13, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Теперь я получаю другую ошибку:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Теперь я получаю другую ошибку:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Основная проблема заключается в том, что (в вашей системе) matplotlib выбирает бэкэнд с использованием x по умолчанию. У меня была такая же проблема на одном из моих серверов. Решением для меня было добавить следующий код в место, которое читается перед любым другим импортом pylab / matplotlib / pyplot :

import matplotlib
# Force matplotlib to not use any Xwindows backend.
matplotlib.use('Agg')

Альтернатива - установить его в вашем .matplotlibrc.

Так же, как дополнение к ответу Рейно.

Постоянный способ решить эту проблему - отредактировать файл .matplotlibrc. Найти через

>>> import matplotlib
>>> matplotlib.matplotlib_fname()
# This is the file location in Ubuntu
'/etc/matplotlibrc'

Затем измените бэкэнд в этом файле на backend : Agg. Вот и все.

Чистый ответ - потратить немного времени на правильную подготовку среды выполнения.

Первый метод , вы должны подготовить среду выполнения, чтобы использовать matplotlibrcфайл, так мудро , рекомендованный Chris Q. , установка

backend : Agg

в этом файле. Вы даже можете контролировать - без изменений кода - как и где matplotlib ищет и находит matplotlibrcфайл .

Второй метод, которым вы должны подготовить свою среду исполнения, - это использовать MPLBACKENDпеременную среды (и сообщить своим пользователям, чтобы она использовалась):

export MPLBACKEND="agg"
python <program_using_matplotlib.py>

Это удобно, потому что вам даже не нужно предоставлять другой файл на диске, чтобы это работало. Я использовал этот подход, например, для тестирования в условиях непрерывной интеграции и запуска на удаленных машинах, которые не имеют дисплеев.

Жесткое программирование вашего бэкэнда matplotlib в «Agg» в вашем коде Python похоже на врезание квадратного колышка в круглое отверстие большим молотком, когда вместо этого вы могли просто сказать matplotlib, что это должно быть квадратное отверстие.

Я получил ошибку при использовании matplotlib через Spark. matplotlib.use('Agg')не работает для меня В конце концов, следующий код работает для меня. Больше здесь

import matplotlib.pyplot as plt.
plt.switch_backend('agg')

Я просто повторю то, что сказал @Ivo Bosticky, что можно пропустить. Поместите эти строки в ОЧЕНЬ начало файла py.

import matplotlib
matplotlib.use('Agg') 

Или можно получить ошибку

* / usr / lib / pymodules / python2.7 / matplotlib / __ init__.py:923: UserWarning: этот вызов matplotlib.use () не имеет никакого эффекта
потому что бэкэнд уже выбран;
matplotlib.use () должен быть вызван * перед * pylab, matplotlib.pyplot, *

Это решит все проблемы с отображением

Я обнаружил, что этот фрагмент хорошо работает при переключении между средами X и no-X.

import os
import matplotlib as mpl
if os.environ.get('DISPLAY','') == '':
    print('no display found. Using non-interactive Agg backend')
    mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

При входе на сервер для выполнения кода используйте вместо этого:

ssh -X username@servername

-Xизбавится от без имени дисплея и без ошибок переменной окружения $ DISPLAY

:)

На какой ты системе? Похоже, у вас есть система с X11, но переменная окружения DISPLAY не была правильно установлена. Попробуйте выполнить следующую команду и перезапустить программу:

export DISPLAY=localhost:0

import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Меня устраивает.

Еще одна вещь, которую нужно проверить, - авторизован ли ваш текущий пользователь для подключения к дисплею X. В моем случае root не мог этого сделать, и matplotlib жаловался с той же ошибкой.

user@debian:~$ xauth list         
debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xauth add debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1 ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xterm

источник: http://www.debian-administration.org/articles/494 https://debian-administration.org/article/494/Getting_X11_forwarding_through_ssh_working_after_running_su

Чтобы ваш код переносился на Windows, Linux и OSX, а также на системы с дисплеями и без них, я бы предложил следующий фрагмент:

import matplotlib
import os
# must be before importing matplotlib.pyplot or pylab!
if os.name == 'posix' and "DISPLAY" not in os.environ:
    matplotlib.use('Agg')

# now import other things from matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

Кредит: https://stackoverflow.com/a/45756291/207661

Для Google Cloud Machine Learning Engine:

import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

А затем распечатать в файл:

#PDF build and save
    def multi_page(filename, figs=None, dpi=200):
        pp = PdfPages(filename)
        if figs is None:
            figs = [mpl.pyplot.figure(n) for n in mpl.pyplot.get_fignums()]
        for fig in figs:
            fig.savefig(pp, format='pdf', bbox_inches='tight', fig_size=(10, 8))
        pp.close()

и создать PDF:

multi_page(report_name)