Эта ошибка может возникать, когда процесс перебазирования вносит дополнительные изменения в файлы, которые не находятся в целевой ветви.
Для меня самая сложная часть была с .gitattributes файлом в моем репо. Новый бинарный тип файла был добавлен в другую ветку, но его обработка была принудительной как текстовый файл. Когда файл был загружен из репозитория git, EOL (на самом деле это байты двоичных значений) были заменены, что привело к двоичной разнице.
Добавление новой записи для обработки нового типа файла как двоичного файла и повторная попытка всего процесса решили проблему для меня.