Я использовал вариант решения Матео. Я использую это в файлах Rmd, написанных с использованием разметки github (gfm) для сайта на платформе Jekyll, но те же файлы Rmd используются для создания PDF-файлов в различных контекстах. Файлы Rmd тяжелые математические, и математика отображается с MathJax на веб-сайте. Поэтому мне нужно решение, которое работает с gfm, которое обрабатывается через Jekyll, работает с pandoc-> pdflatex и совместимо с MathJax.
фрагмент из файла Rmd (который является GFM)
Here is a paragraph with an footnote <span id="a1">[[1]](#f1)</span>.
Footnotes
=========
1. <span id="f1"></span> This is a footnote. [$\hookleftarrow$](#a1)
$\hookleftarrow$
это латекс, который работает для меня, так как у меня всегда включен MathJax. Я использую это, чтобы убедиться, что он правильно отображается в моих PDF-файлах. Я помещаю свои сноски в квадратные скобки, потому что верхний индекс сбивает с толку, если я помещаю сноску в какую-то встроенную математику.
Вот оно в действии: https://eeholmes.github.io/posts/2016-5-18-FI-recursion-1/
Эти заметки могут быть помещены в любом месте Rmd. Я добавляю список в конце, чтобы они были технически сносками.