В моем случае я перетаскиваю несколько файлов в окне проекта Xcode, чтобы добавить их. Он делал копии в моем исходном каталоге, но не помещал их туда, куда я хотел, чтобы они шли (он помещал их в корень моего каталога, я хотел, чтобы они находились в подкаталоге). Недолго думая, я просто схватил их в Finder и переместил в каталог, в котором хотел их найти. Вернувшись в окно проекта, он, конечно, не смог их найти, поэтому я удалил их в окне и добавил их снова. После компиляции я начал получать эти ошибки.
Как я уже упоминал выше, я думал, что это была проблема с git, но когда я запустил "git ls-tree --full-tree -r HEAD", я вообще не увидел файлы ??
В любом случае, чтобы исправить это, я использовал команду меню «Добавить файл ...», чтобы добавить каждый из файлов в папку по умолчанию, выполнить чистую сборку, а затем удалить их из окна проекта (используя команду «Переместить в корзину») и он избавился от всех ошибок.