Maven Central и JCenter в основном эквивалентны с точки зрения пользователя.
Причина, по которой существует 2 больших репозитория, заключается в том, что Maven Central поддерживается Sonatype, компанией, стоящей за Maven, и особенно за Nexus, репозиторием Maven, который они продают предприятиям.
JCenter поддерживается JFrog, компанией, стоящей за Artifactory, конкурентом Nexus. Насколько я помню, JFrog тоже какое-то время поддерживал Gradle как конкурент Maven.
В конце концов, речь идет о конкурирующих компаниях, предлагающих бесплатные услуги, чтобы попытаться привлечь клиентов к своим корпоративным предложениям более высокого уровня.
Если у вас нет очень конкретной причины использовать один из них, вы можете просто подбросить монету, чтобы выбрать один.