Проблемы с pip install numpy - RuntimeError: сломанная инструментальная цепочка: невозможно связать простую программу C

Я пытаюсь установить numpy (и scipy и matplotlib) в virturalenv.

Однако я продолжаю получать эти ошибки:

RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

----------------------------------------
Cleaning up...
Command python setup.py egg_info failed with error code 1

У меня установлены инструменты командной строки для xcode

$ which gcc
/usr/bin/gcc
$ which cc
/usr/bin/cc

Я использую Mac OSX 10.9, использую установленный питон

Изменить
Да, пытаюсь установить с помощью pip.
Вся трассировка огромна (> 400 строк)

Вот его часть:

C compiler: cc -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch x86_64 -arch i386 -g -Os -pipe -fno-common -fno-strict-aliasing -fwrapv -mno-fused-madd -DENABLE_DTRACE -DMACOSX -DNDEBUG -Wall -Wstrict-prototypes -Wshorten-64-to-32 -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch x86_64 -arch i386 -pipe



compile options: '-Inumpy/core/src/private -Inumpy/core/src -Inumpy/core -Inumpy/core/src/npymath -Inumpy/core/src/multiarray -Inumpy/core/src/umath -Inumpy/core/src/npysort -Inumpy/core/include -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -c'

cc: _configtest.c

clang: error: unknown argument: '-mno-fused-madd' [-Wunused-command-line-argument-hard-error-in-future]

clang: note: this will be a hard error (cannot be downgraded to a warning) in the future

clang: error: unknown argument: '-mno-fused-madd' [-Wunused-command-line-argument-hard-error-in-future]

clang: note: this will be a hard error (cannot be downgraded to a warning) in the future

failure.

removing: _configtest.c _configtest.o

Traceback (most recent call last):

  File "<string>", line 17, in <module>

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/setup.py", line 192, in <module>

    setup_package()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/setup.py", line 185, in setup_package

    configuration=configuration )

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/core.py", line 169, in setup

    return old_setup(**new_attr)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/core.py", line 152, in setup

    dist.run_commands()

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands

    self.run_command(cmd)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command

    cmd_obj.run()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/egg_info.py", line 10, in run

    self.run_command("build_src")

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/cmd.py", line 326, in run_command

    self.distribution.run_command(command)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command

    cmd_obj.run()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 153, in run

    self.build_sources()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 164, in build_sources

    self.build_library_sources(*libname_info)

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 299, in build_library_sources

    sources = self.generate_sources(sources, (lib_name, build_info))

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 386, in generate_sources

    source = func(extension, build_dir)

  File "numpy/core/setup.py", line 674, in get_mathlib_info

    raise RuntimeError("Broken toolchain: cannot link a simple C program")

RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

Хотя это уродливо, похоже, работает

sudo ARCHFLAGS=-Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future pip install --upgrade numpy

Обратите внимание: если вы получаете эту ошибку для пакета, отличного от numpy (например, lxml), укажите это имя пакета, а numpyне в конце команды.

Я видел похожую проблему с установкой драгоценного камня

Ошибка установки Ruby Gem Json на Mavericks и Xcode 5.1 - неизвестный аргумент: '-multiply_definedsuppress'

Это только временное исправление, в какой-то момент придется исправить параметры компилятора.

Для Docker (Alpine) и Python 3.x это сработало для меня:

RUN apk update
RUN apk add make automake gcc g++ subversion python3-dev

Проблема в том, что вы не можете скомпилировать.

Во-первых, убедитесь, что вы приняли новые Условия использования Xcode. Для этого просто откройте xCode и согласитесь.

Затем попробуйте установить gcc с помощью

brew install gcc

Наконец, попробуйте установить Numpy с помощью

pip install numpy

Надеюсь это поможет.

Если вы не хотите использовать sudo (поэтому разрешения и подобные вещи сохраняются при использовании venv), вы можете добавить объявление ARCHFLAGS в свой .bash_profile и запустить его как обычно. Это сработало для меня с Mavericks и Xcode 5.1 с использованием venv:

В ~ / .bash_profile:

экспорт ARCHFLAGS = -Wno-error = неиспользуемый-аргумент-командной-строки-жесткая-ошибка-в будущем

Затем просто запустите команду:

pip install --upgrade numpy

Мне просто нужно было открыть XCode, принять соглашение и позволить ему установить инструменты. Затем я вернулся к PyCharm и снова без проблем установил numpy.

Если вы используете дистрибутив Linux, вам может потребоваться компилятор C, особенно если вы видите контрольные строки журнала, такие как sh: gcc: command not found. Вы можете следовать инструкциям здесь , которые я кратко изложил ниже:

• Fedora, Red Hat, CentOS или Scientific Linux

  # yum groupinstall 'Development Tools'

• Debian или Ubuntu Linux

  $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install build-essential manpages-dev

Затем вы можете попробовать выполнить повторный запуск:

sudo pip install numpy

Для пользователей Fedora, у которых возникла аналогичная проблема, попробуйте установить эти пакеты:

(если не используете python3, используйте python-devel и pip вместо pip3)

sudo dnf install python3-devel
sudo dnf install make automake gcc gcc-c++ gcc-gfortran
sudo dnf install redhat-rpm-config
sudo dnf install subversion

тогда попробуйте

sudo pip3 install numpy

В некоторых случаях после того, как OS X обновит XCode, XCode потребует от пользователя (с правами администратора) принять новую лицензию. Пока лицензия не будет принята, clang и gcc выдадут ошибку при попытке скомпилировать и связать код. Или, по крайней мере, пакеты python.

Если вы запустите XCode и примете лицензию, ошибки больше не появятся.

По крайней мере, так было со мной.

Это означает, что он не может найти ваш компилятор C. Попробуйте установить компилятор gcc, если компоновка другого компилятора не удалась.

В моем случае это произошло во время сборки докера. Проблема заключалась в том, что базовое изображение не было привязано к определенной версии Python, и numpy не мог скомпилировать с новым.

FROM python:3-slim  # BAD

После того, как я изменил его на следующее, все заработало:

FROM python:3.8-slim  # GOOD

Не забудьте исправить свои версии! :-)

Вышеупомянутое сработало для меня только после установки python3-dev.

В Fedora 22 это было решено обновлением самого pip: sudo pip install --upgrade pip