Насколько я понимаю ваш вопрос, похоже, вы хотите применить перестановку, указанную вами в файле list. Это делается путем указания другого list(назовем его p), который содержит индексы элементов оригинала, listкоторые должны появиться в перестановке list. Затем вы используете pдля создания нового list, просто заменяя элемент в каждой позиции тем, чей индекс находится в этой позиции в p.
def apply_permutation(lst, p):
return [lst[x] for x in p]
arr=list("abcde")
new_order=[3,2,0,1,4]
print apply_permutation(arr,new_order)
Это печатает ['d', 'c', 'a', 'b', 'e'].
Фактически это создает новый list, но его можно тривиально изменить, чтобы переставить оригинал «на место».