У меня такая же проблема.
мой подход: хранение данных проекта в каталоге, управляемом owncloud
Project X создается на рабочей станции A с настраиваемым путем, указывающим на новый подкаталог моей иерархии ownCloud. Рабочее пространство по умолчанию по-прежнему находится в файловой системе A.
Когда я сижу на рабочей станции, BI открываю локальную рабочую область по умолчанию (локальную на B) и создаю новый проект, используя существующие источники в «синхронизированном» каталоге ownCloud.
Просто нажимайте «Обновить» каждый раз, когда запускаете eclipse и у вас есть данные текущего проекта. Синхронизация выполняется в фоновом режиме автоматически, поэтому по завершении работы позаботьтесь о закрытии eclipse и дайте ownCloud возможность загрузить новые файлы на сервер ownCloud.
Tomcat или другие серверы работают локально, конфигурация вручную копируется между машинами через scp. Это происходит только в том случае, если есть изменения в настройке сервера, что бывает не очень часто.
У меня не было проблем с совместимостью с NEON 2 (arch linux) и NEON 3 (загрузите запуск на debian stretch) с разными JDK.
С уважением, Армин