Если это GNU diff, вы должны просто указать его на две директории и использовать опцию -r.
В противном случае попробуйте использовать
for i in $(\ls -d ./dir1/*); do diff ${i} dir2; done
NB. Как отметил Деннис в разделе комментариев, вам на самом деле не нужно выполнять подстановку команд в ls. Я делал это так долго, что в значительной степени делаю это на автопилоте и подставляю команду, необходимую для получения списка файлов для сравнения.
Также я забыл добавить, что я делаю '\ ls', чтобы временно отключить мой псевдоним ls для GNU ls, чтобы я потерял информацию о форматировании цвета из списка, возвращаемого GNU ls.
diff
команде, загрузив утилиты GNU для Win32 .