Я столкнулся с той же проблемой, и это заставило меня подняться на стену. В итоге проблема заключалась в том, что папка .idea УЖЕ была добавлена в репозиторий ранее, и поэтому они отслеживались git независимо от того, игнорировали вы их или нет. Я бы рекомендовал следующее после закрытия RubyMine / IntelliJ или любой другой IDE, которую вы используете:
mv .idea ../.idea_backup
rm .idea # in case you forgot to close your IDE
git rm -r .idea
git commit -m "Remove .idea from repo"
mv ../.idea_backup .idea
После этого обязательно игнорируйте .idea в вашем .gitignore
Хотя этого достаточно игнорировать в репозитории .gitignore, я бы посоветовал вам игнорировать точечные файлы вашей IDE глобально.
В противном случае вам придется добавить его в каждый .gitgnore для каждого проекта, над которым вы работаете. Кроме того, если вы сотрудничаете с другими людьми, рекомендуется не загрязнять .gitignore проекта частной конфигурацией, не относящейся к исходному коду проекта.