Вы можете увидеть удаленные файлы, которые все еще отслеживаются:
git ls-files --deleted
Чтобы удалить файлы из ветки, вы можете сделать что-то вроде этого:
git ls-files --deleted -z | xargs -0 git rm
Откуда man git-rm:
Удалите файлы из индекса или из рабочего дерева и индекса. git-rm не удалит файл только из вашего рабочего каталога. (Невозможно удалить файл 13 только из рабочего дерева и при этом сохранить его в индексе; используйте / bin / rm, если хотите.)
Наконец, чтобы зафиксировать «удаление», сделайте что-нибудь вроде:
git commit -m "removed some files"