Базовый SDK - это то, против чего вы строите свое приложение (то есть включаете и библиотечные файлы и фреймворки). Как вы говорите, это не влияет на цель развертывания, за исключением того, что базовая sdk> = цель развертывания.
Вы указываете параметры сборки на 2 уровнях, так как каждый проект может иметь несколько целей, и вам могут не потребоваться одинаковые настройки для всех целей. Настройки уровня проекта переопределяют настройки по умолчанию, а настройки целевого уровня переопределяют настройки уровня проекта.
Например, у меня есть проекты как с OSX, так и с iOS, некоторые из них ARC, а некоторые MRR. Мне бы пришлось иметь разные проекты для каждого, если бы я не мог указать параметры сборки с уровнем детализации, который позволяет Xcode.