Как уже упоминалось некоторыми людьми: пул приложений сайта в IIS перезапустится (обычно это занимает пару секунд). В результате запрос следующей страницы будет медленнее (так как ничего больше не будет кэшироваться). Также будет потеряно состояние сеанса пользователей; НО в состоянии сеанса WSS по умолчанию не используется, в MOSS используется InfoPath Form Services. Так что, возможно, у вас нет больших проблем, связанных с потерей состояния сеанса.
На другой стороне; для решения этих проблем: обычно создается решение SharePoint (WSP), которое развертывает и запускает задание таймера для внесения изменений в файл web.config из кода (с использованием класса SPWebConfigModification объектной модели). Приятно то, что вы можете запланировать выполнение изменения, чтобы ваши пользователи его не заметили.