Из vim вы можете запускать команды оболочки. Так что в этом случае я использую:
:!touch somefile.txt
а затем нажмите, rчтобы перезагрузить окно ботанического дерева.
Другая вещь, которую нужно сделать, это просто запустить новый файл из vim.
:e somefile.txt
Для этого очень удобно то, что в моем .vimrc я автоматически заменяю cwd на каталог, в котором находится мой текущий файл:
" Auto change the directory to the current file I'm working on
autocmd BufEnter * lcd %:p:h
Таким образом, если я редактирую файл и хочу другой файл в том же месте, путь меняется прямо здесь. Открытие любого файла из NERDTree устанавливает каталог, в котором находится файл.