У меня работает: IntelliJ IDEA 13.1.1, JUnit4, Java 6
Я изменил файл в пути к проекту: [PROJECT_NAME] .iml
Заменены:
<library>
<CLASSES>
<root url="jar://$APPLICATION_HOME_DIR$/lib/junit-4.11.jar!/" />
</CLASSES>
<JAVADOC />
<SOURCES />
</library>
По:
<library name="JUnit4">
<CLASSES>
<root url="jar://$APPLICATION_HOME_DIR$/lib/junit-4.11.jar!/" />
<root url="jar://$APPLICATION_HOME_DIR$/lib/hamcrest-core-1.3.jar!/" />
<root url="jar://$APPLICATION_HOME_DIR$/lib/hamcrest-library-1.3.jar!/" />
</CLASSES>
<JAVADOC />
<SOURCES />
</library>
Итак, последний файл .iml:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<module type="JAVA_MODULE" version="4">
<component name="NewModuleRootManager" inherit-compiler-output="true">
<exclude-output />
<content url="file://$MODULE_DIR$">
<sourceFolder url="file://$MODULE_DIR$/src" isTestSource="false" />
<sourceFolder url="file://$MODULE_DIR$/tests" isTestSource="true" />
</content>
<orderEntry type="inheritedJdk" />
<orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
<orderEntry type="module-library">
<library name="JUnit4">
<CLASSES>
<root url="jar://$APPLICATION_HOME_DIR$/lib/junit-4.11.jar!/" />
<root url="jar://$APPLICATION_HOME_DIR$/lib/hamcrest-core-1.3.jar!/" />
<root url="jar://$APPLICATION_HOME_DIR$/lib/hamcrest-library-1.3.jar!/" />
</CLASSES>
<JAVADOC />
<SOURCES />
</library>
</orderEntry>
</component>
</module>
PS: сохраните файл и не позволяйте IntelliJ Idea перезагружать его. Только раз.
junit.jar
не имеет отношения к проблеме