Я хочу , чтобы найти файлы , которые заканчиваются _peaks.bed, но исключить файлы в tmpи scriptsпапках.

Моя команда такая:

 find . -type f \( -name "*_peaks.bed" ! -name "*tmp*" ! -name "*scripts*" \)

Но это не сработало. Файлы в tmpи по- scriptпрежнему будет отображаться папки.

Есть у кого-нибудь идеи по этому поводу?

Вот как вы можете указать это с помощью find:

find . -type f -name "*_peaks.bed" ! -path "./tmp/*" ! -path "./scripts/*"

Пояснение:

• find . - Начать поиск из текущего рабочего каталога (по умолчанию рекурсивно)
• -type f- Укажите, findчто вам нужны только файлы в результатах
• -name "*_peaks.bed" - Ищите файлы с именем, заканчивающимся на _peaks.bed
• ! -path "./tmp/*" - Исключить все результаты, путь которых начинается с ./tmp/
• ! -path "./scripts/*" - Также исключить все результаты, путь которых начинается с ./scripts/

Тестирование решения:

$ mkdir a b c d e
$ touch a/1 b/2 c/3 d/4 e/5 e/a e/b
$ find . -type f ! -path "./a/*" ! -path "./b/*"

./d/4
./c/3
./e/a
./e/b
./e/5

Вы были довольно близки, -nameопция учитывает только базовое имя, а as -pathучитывает весь путь =)

Вот один из способов сделать это ...

find . -type f -name "*_peaks.bed" | egrep -v "^(./tmp/|./scripts/)"

Использовать

find \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -o  -name "*_peaks.bed" -print

или

find \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -false -o  -name "*_peaks.bed"

или

find \( -path "./tmp" -path "./scripts" \) ! -prune -o  -name "*_peaks.bed"

Порядок важен. Он оценивается слева направо. Всегда начинайте с исключения пути.

Объяснение

Не используйте -not(или !) для исключения всего каталога. Используйте -prune. Как объяснено в руководстве:

−prune    The primary shall always evaluate as  true;  it
          shall  cause  find  not  to descend the current
          pathname if it is a directory.  If  the  −depth
          primary  is specified, the −prune primary shall
          have no effect.

и в руководстве по поиску GNU:

-path pattern
              [...]
              To ignore  a  whole
              directory  tree,  use  -prune rather than checking
              every file in the tree.

Действительно, если вы используете -not -path "./pathname", find будет оценивать выражение для каждого узла ниже "./pathname".

Выражения find - это просто оценка условий.

• \( \)- групповая работа (можно использовать -path "./tmp" -prune -o -path "./scripts" -prune -o, но более многословно).
• -path "./script" -prune- если -pathвозвращает истину и является каталогом, вернуть истину для этого каталога и не спускаться в него.
• -path "./script" ! -prune- оценивается как (-path "./script") AND (! -prune). Он меняет «всегда верно» для слова «всегда ложно». Это позволяет избежать печати "./script"совпадений.
• -path "./script" -prune -false- поскольку -pruneвсегда возвращает истину, вы можете следовать за ним, -falseчтобы сделать то же самое, чем !.
• -o- Оператор ИЛИ. Если между двумя выражениями не указан оператор, по умолчанию используется оператор AND.

Следовательно, \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -o -name "*_peaks.bed" -printрасширяется до:

[ (-path "./tmp" OR -path "./script") AND -prune ] OR ( -name "*_peaks.bed" AND print )

Печать здесь важна, потому что без нее расширяется до:

{ [ (-path "./tmp" OR -path "./script" )  AND -prune ]  OR (-name "*_peaks.bed" ) } AND print

-printдобавляется с помощью find - поэтому в большинстве случаев вам не нужно добавлять его в выражение. А поскольку -pruneвернет true, он напечатает «./script» и «./tmp».

В других это не обязательно, потому что мы переключились -pruneна всегда возвращать false.

Подсказка: вы можете использовать, find -D opt expr 2>&1 1>/dev/nullчтобы увидеть, как он оптимизирован и расширен,
find -D search expr 2>&1 1>/dev/nullчтобы увидеть, какой путь отмечен.

Попробуйте что-нибудь вроде

find . \( -type f -name \*_peaks.bed -print \) -or \( -type d -and \( -name tmp -or -name scripts \) -and -prune \)

и не удивляйтесь, если я ошибаюсь. Если целью является выполнение (вместо печати), просто замените его на место.

для меня это решение не сработало с командой exec с find, действительно не знаю почему, поэтому мое решение

find . -type f -path "./a/*" -prune -o -path "./b/*" -prune -o -exec gzip -f -v {} \;

Пояснение: то же, что и сампсон-чен, с добавлением

-prune - игнорировать исходящий путь ...

-o - Затем, если совпадений нет, распечатать результаты (обрезать каталоги и распечатать оставшиеся результаты)

18:12 $ mkdir a b c d e
18:13 $ touch a/1 b/2 c/3 d/4 e/5 e/a e/b
18:13 $ find . -type f -path "./a/*" -prune -o -path "./b/*" -prune -o -exec gzip -f -v {} \;

gzip: . is a directory -- ignored
gzip: ./a is a directory -- ignored
gzip: ./b is a directory -- ignored
gzip: ./c is a directory -- ignored
./c/3:    0.0% -- replaced with ./c/3.gz
gzip: ./d is a directory -- ignored
./d/4:    0.0% -- replaced with ./d/4.gz
gzip: ./e is a directory -- ignored
./e/5:    0.0% -- replaced with ./e/5.gz
./e/a:    0.0% -- replaced with ./e/a.gz
./e/b:    0.0% -- replaced with ./e/b.gz

Вы можете попробовать следующее:

find ./ ! \( -path ./tmp -prune \) ! \( -path ./scripts -prune \) -type f -name '*_peaks.bed'