Я нашел в сети очень интересную ветку, которая объясняет разницу очень просто: http://www.thestudentroom.co.uk/showthread.php?t=232168 .
Алгоритм Крускала вырастит решение из самого дешевого ребра, добавив следующее самое дешевое ребро, при условии, что оно не создает цикл.
Алгоритм Прима вырастит решение из случайной вершины путем добавления следующей самой дешевой вершины, вершины, которая в данный момент не находится в решении, но связана с ней самым дешевым ребром.
Здесь прилагается интересный лист на эту тему.
Если вы реализуете и Kruskal, и Prim в их оптимальной форме: с объединением find и кучей finbonacci соответственно, то вы заметите, как Kruskal проще в реализации по сравнению с Prim.
Прим сложнее с кучей Фибоначчи, главным образом потому, что вам нужно вести таблицу бухгалтерского учета для записи двунаправленной связи между узлами графа и узлами кучи. С Union Find, наоборот, структура проста и может даже производить MST напрямую, почти без дополнительных затрат.