Воспользуйтесь функцией «Найти в файлах» (Ctrl + Shift + F). Измените режим поиска в левом нижнем углу на «Регулярное выражение».
В поле "Найти" используйте этот шаблон:
(?<!\r)\n
Заменить:
\r\n
Выберите свой каталог и укажите любые фильтры типов файлов. Если хотите, установите флажок «Во всех подпапках». Щелкните "Заменить в файлах".
При этом любые символы новой строки (\ n), которым в настоящее время не предшествует возврат каретки (\ r), заменяются на \ r \ n. Таким образом, он не будет соответствовать окончанию строки, которое уже соответствует стилю Windows.