Eclipse с трудом обновляется с 3.7.1 до 3.7.2, не говоря уже о 3.7 до 4.2.
Вы берете жизнь своей среды разработки в свои руки, если пытаетесь сделать такое обновление существующей среды разработки Eclipse. Не знаю, как вы, но моя среда разработки слишком важна, чтобы рисковать обновлением.
Всегда создавайте новый каталог Eclipse и новые рабочие пространства Eclipse, если хотите изменить среду разработки.
Разархивируйте Eclipse 4.2 в новый каталог и добавляйте по одному свои плагины. Вы можете использовать метод Bananeweizen для копирования подключаемых модулей Eclipse 3.7 или добавить их вручную. Вероятно, неплохо было бы проверить, обновлены ли плагины, которые вы используете, для Eclipse 4.2.
Создайте новое рабочее пространство Eclipse 4.2 и скопируйте код проекта из рабочего пространства Eclipse 3.7. Если вы обнаружите проблему позже, вы можете вернуться к Eclipse 3.7 и своим рабочим пространствам Eclipse 3.7.
Если у вас есть работающая среда Eclipse 4.2, заархивируйте ее и сохраните zip-файл, чтобы вы могли восстановить среду Eclipse 4.2 в случае повреждения Eclipse.
Никогда не думайте об изменении вашей рабочей среды.