Этот ответ предназначен для менее технических людей, использующих Windows.
Если вы не помните / не знаете, в каких файлах вы нажали «skip-worktree», используйте:
git ls-files -v //This will list all files, you are looking for the ones with an S at the beginning of the line.
git ls-files -v | grep "S " //Use this to show only the lines of interest. Those are the files that have "skip-worktree".
Чтобы исправить вашу проблему:
Вы можете перейти к файлам -> щелкнуть правой кнопкой мыши -> восстановить предыдущую версию -> нажать на вкладку «git» сверху -> снять флажок «skip-worktree» -> нажать «Применить» внизу.
Если файлов слишком много, чтобы исправить вручную, вам нужно обратиться к другим ответам.