Для создания стандартного скрипта configure вам понадобится GNU autoconf. Вам также могут понадобиться GNU automake и libtool.
Есть масса документации и практических рекомендаций. Погуглите что-нибудь вроде "autoconf automake howto". Хорошая документация находится на официальных страницах руководства:
Autoconf создаст ваш сценарий настройки, начиная с файла "configure.ac". Файл "Makefile.am" проинструктирует automake о том, как создать ваш make-файл с помощью строки конфигурации. Libtool необходим для упрощения работы с библиотеками вашего кода.
Вы можете начать создавать файл configure.ac вручную или использовать помощник «autoscan», который может помочь вам создать что-то полуавтоматическое для вас.
Затем, когда вы будете готовы, этот творит чудеса:
autoreconf -i