Я не эксперт, но я просто добавил новые сайты в свои «Доступные сайты программного обеспечения» (справка -> установить новое программное обеспечение -> Доступные сайты программного обеспечения)
http://download.eclipse.org/releases/juno
http://download.eclipse.org/tools/cdt/releases/juno
и обновился (справка -> установить обновления).
После обновления
http://download.eclipse.org/eclipse/updates/4.2
был добавлен
http://download.eclipse.org/eclipse/updates/3.7
был отключен
http://download.eclipse.org/tools/cdt/releases/indigo
был отключен
возможно другие изменения, которых я не заметил.
Кажется, все работает, как ожидалось - список проектов остается - перспективы остаются - единственное, что не сохранилось, казалось, это вкладки редактора, которые были открыты в рабочей области, но это небольшая потеря. Надеюсь, это был правильный способ сделать это - если только кто-то не захочет сказать мне другое.
Алан