Некоторые другие ответы бесполезны, потому что как только вы повторно импортируете проект IntelliJ IDEA из проекта maven, все изменения будут потеряны.
Сборка фляги должна быть вызвана конфигурацией запуска / отладки, а не настройками проекта.
Jetbrains имеет хорошее описание того, как вы можете сделать это здесь:
https://www.jetbrains.com/help/idea/maven.html
Прокрутите вниз до раздела «Настройка триггеров для целей Maven».
(Единственным недостатком их описания является то, что их скриншоты имеют стандартную черно-белую цветовую схему вместо супер-классной темы про Даркулу. Тьфу!)
Итак, в основном вы открываете панель «Maven Projects», вы находите интересующий вас проект (в вашем случае проект, который создает ваш jar), под ним вы находите цель maven, которую хотите выполнить. (обычно цель «package» создает jar-файлы), вы открываете в нем контекстное меню (щелкните правой кнопкой мыши на машине с Windows) и появится опция «Выполнить перед запуском / Отладка ...», которую вы можете выберите, и он возьмет вас за руку оттуда. Действительно легко.