Кажется, здесь нет ответа для тех, кто использует SSH для подключения к своей базе данных MySQL. Вам нужно проверить два места, а не 1, как предлагают другие ответы:
Редактирование рабочей среды → Настройки → Редактор SQL → СУБД
Рабочее место Правка → Настройки → SSH → Тайм-ауты
Мои тайм-ауты SSH по умолчанию были установлены очень низкими и вызывали некоторые (но, очевидно, не все) мои проблемы тайм-аута. После, не забудьте перезапустить MySQL Workbench!
Наконец, возможно, стоит обратиться к администратору БД и попросить его увеличить свойства wait_timeout и interactive_timeout в самом mysql через my.conf + mysql restart или сделать глобальный набор, если перезапуск mysql не является опцией.
Надеюсь это поможет!
DBMS connection read time out
Поле принимает только до 5 цифр, и установки поля до 0 эквивалентен параметра по умолчанию (600 секунд). (Windows 7 64-bit Ultimate, MySQL Workbench 5.2.47 CE)