Если ваша версия git> = 1.6.1, вы можете использовать git reset --merge.
Также, как упоминает @Michael Johnson, если ваша версия git> = 1.7.4, вы также можете использовать git merge --abort.
Как всегда, убедитесь, что у вас нет незафиксированных изменений перед началом слияния.
Из справочной страницы git merge
git merge --abortэквивалентно тому, git reset --mergeкогда MERGE_HEADприсутствует.
MERGE_HEAD присутствует, когда происходит слияние.
Также относительно непринятых изменений при запуске слияния:
Если у вас есть изменения, которые вы не хотите фиксировать до начала слияния, просто внесите git stashих до слияния и git stash popпосле завершения слияния или его отмены.