Несколько причин.
Во-первых, так было всегда, и интернет-провайдеры не хотят менять рабочую настройку.
Во-вторых, можно создавать переводчики между различными типами PPP. То, что ваш маршрутизатор видит PPPoE, не означает, что путь к вашему провайдеру - это простая сеть Ethernet. У вас может быть настройка PPPoE от вашего маршрутизатора до модема, PPPoA от модема к DSLAM и L2TP обратно к вашему провайдеру.
В-третьих, PPP обеспечивает идентификацию и аутентификацию. Это важно по нескольким причинам, во-первых, чтобы обеспечить надежную идентификацию злоупотребляющих пользователей. Во-вторых, позволить нескольким провайдерам работать в одной сети широкополосного доступа. В-третьих, чтобы пользователи, которые приобрели пакеты со статическими IP-адресами, получили правильный IP-адрес.