В моем случае это работало с использованием sudo
sudo bin/magento setup:upgrade
РЕДАКТИРОВАТЬ 19/02/16
На самом деле, решение "sudo" - это скорее обходной путь для плохих прав / владения файлами Magento.
Если у вас еще нет владельца файловой системы Magento, создайте его и добавьте в группу apache.
adduser magento
passwd magento
//CentOS
usermod -g apache magento
//Ubuntu
usermod -g www-data magento
//restart apache
//CentOS
service httpd restart
//Ubuntu
service apache2 restart
Теперь, когда у вас есть пользователь, вы можете установить владельца и разрешения (для пользователя root или для пользователя с sudo).
cd /var/www/html/magento2beta/magento2
find . -type d -exec chmod 770 {} \; && find . -type f -exec chmod 660 {} \; && chmod u+x bin/magento
//CentOS
chown -R magento:apache .
//Ubuntu
chown -R magento:www-data .
Переключиться на пользователя magento
su magento
Теперь вы сможете запустить php bin / magento setup: обновить или любую другую команду с вашим пользователем magento