Ответы:
Атрибуты множественного выбора могут быть установлены в виде списка через запятую (или также массива), содержащего идентификаторы значений атрибута.
Итак, сначала мы должны преобразовать фактические значения во внутренние идентификаторы Magento.
$attrCode = 'color_base';
$sourceModel = Mage::getModel('catalog/product')->getResource()
->getAttribute($attrCode)->getSource();
$valuesText = explode(',', 'red,green,blue');
$valuesIds = array_map(array($sourceModel, 'getOptionId'), $valuesText);
$product->setData($attrCode, $valuesIds);
$product->save();
Изменить последнюю строку кода выше
$product->save();
с
$product->getResource()->saveAttribute($product, $attrCode);
Оно работает